北宋初年，苏州南部分设秀州（州治在今浙江省嘉兴市），华亭县即归属改属秀州管辖。这时华亭县以东的海滩，已经成为重要盐场，“人烟浩穰，海舶辐揍”，商业日益发达。宋宣和元年（1119年），随着松江（吴淞江，即苏州河）航道重新疏浚，县城以北松江南岸的青龙镇发展成为繁华一时的商业中心（今青浦区境内）。据宋诗人梅尧臣在《青龙杂志》中记载，青龙镇有二十二桥、三十六坊，还有“三亭、七塔、十三寺，烟火万家”，时人誉称“小杭州”。但当年作为华亭一个海口的上海，仍然是个荒凉的渔村。到南宋末年，由于吴淞江上游的淤浅，青龙镇逐渐丧失了作为长江口良港的地位，而日趋萧条冷落。这时，贸易中心转移到华亭县东北部，青龙镇下游70公里处的一条小河上海浦的西侧，那里由渔村变成初具规模的小镇。南宋咸淳三年（1267年），正式设立上海镇，并派镇将驻守。

此后不久，蒙古军队攻入江南，南宋灭亡。1277年（至元十四年），元朝在上海镇设立市舶司，与广州、泉州、温州、杭州、庆元（宁波）、澉浦（海盐）合称全国七大市舶司。本埠市舶司的衙门设在后来的上海县署内，即今小东门内方浜中路以南的光启路上。同年，又将华亭县升格为松江府。

1292年（至元二十八年），元朝正式设立上海县，县治在今天上海市中心黄浦区（包括原南市区），隶属于松江府，这是上海建县的开始。